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网站设计与制作软件,电子商务网站的建设ppt,海拉尔网页设计,做网站优化如何遍文章作者#xff0c;Evil Genius从老家回来了#xff0c;也见到了曾经的小学同学们#xff0c;唯一的感受就是#xff0c;相互之间无论有多大的差距#xff0c;都不如自己有个好身体#xff0c;谁身体的零件坏的少#xff0c;谁就是赢家。今天我们来比较一下数据对同一肺组织…作者Evil Genius从老家回来了也见到了曾经的小学同学们唯一的感受就是相互之间无论有多大的差距都不如自己有个好身体谁身体的零件坏的少谁就是赢家。今天我们来比较一下数据对同一肺组织和结肠组织样本分别使用 Xenium-5K 和 Visium-HD 生成的空间转录组数据进行了比较。第一部分Visium-HD 与 Xenium-5K 的比较分析揭示了在相同肺腺癌LUAD切片中平台特异性的聚类模式1. 技术覆盖与表达一致性共检测 18,082 个基因其中26.4%4,828 个为两平台共有72.6% 仅 Visium-HD 检出因其全转录组特性仅 0.9% 为 Xenium-5K 独有靶向 5,000 基因面板。共有基因表达相关性良好R² 0.64Xenium 读数总量约为 Visium-HD的 2 倍。2. 聚类模式差异显著Visium-HD8 µm bin 图聚类清晰分出两个肿瘤上皮cluster与病理分级高度对应Cluster 4 → 中分化G2腺泡/乳头型Cluster 2 → 低分化G3微乳头型。Xenium-5K默认图聚类产生 5 个肿瘤cluster但空间分布随机与组织学区域不匹配。原因可能包括细胞分割策略、检测原理、算法适配性等。✅ 关键改进使用 Banksy 算法重新分析 Xenium 数据后成功实现 G2/G3 区域的清晰分离说明分析方法对结果影响巨大。第二部分Xenium在结直肠癌细胞分割中超越Visium-HD在结直肠癌CRC等具有复杂细胞形态的组织中Xenium 在细胞分割精度上显著优于 Visium-HD但在含色素区域如尘细胞、黑色素瘤Visium-HD反而更具优势。一、结直肠癌CRC中的细胞分割表现 背景样本包含 腺瘤/高级别上皮内瘤变HGIN 与邻近的 浸润性腺癌 区域。结直肠肿瘤细胞呈细长形态顶-底极性明显。项目Visium-HDXenium-5K分割方法基于 8 µm 网格bin-based多模态荧光 形态引导的单细胞分割问题单个细长细胞被错误拆分为顶侧luminal和基底侧basal两个 bin完整保留细胞边界维持结构完整性后果顶侧片段因转录组相似而跨区域聚类如 HGIN 与浸润区 luminal 片段混在一起干扰细胞级比较实现 HGIN 与浸润区细胞的一对一精准对比改进尝试使用 Bin2Cell、ENACT 或 Space Ranger 新版分割模块—分割效果在正常结肠结构规整中可达单细胞分辨率但在肿瘤区核密集、不规则仍表现不佳– 拥挤细胞被丢弃– 大/异形细胞被过度分割在所有区域均保持高保真分割结论Visium-HD 的当前分割策略适用于结构规整组织但在复杂肿瘤微环境中存在局限Xenium 的形态引导分割更具优势。总结一下Xenium 5KVisium HDTechnical notesEase of use for tissue preparationNeed designated glass slidesUniversal pathological slidesGuide costs per 0.5mmX0.5mm area2.4K USD3.8K USDHD includes sequencing costTypical sample capacity range per assay unit1-181-4Based on experienceCompatibility for downstream multiplex fluorescenceEasyChallenging生活很好有你更好