中企动力初期做的网站企业展厅装修设计

中企动力初期做的网站,企业展厅装修设计,本科自考第二专业,商务网站建设内容大家好#xff0c;这里是专注表观组学十余年#xff0c;领跑多组学科研服务的易基因。 2025年8月8日#xff0c;生殖医学与子代健康全国重点实验室、南京医科大学附属苏州医院黄伯贤教授团队通过整合RNA-Bisulfite测序#xff08;RNA-BS#xff09;、转录组测序#xff…大家好这里是专注表观组学十余年领跑多组学科研服务的易基因。2025年8月8日生殖医学与子代健康全国重点实验室、南京医科大学附属苏州医院黄伯贤教授团队通过整合RNA-Bisulfite测序RNA-BS、转录组测序RNA-seq、染色质可及性测序ATAC-seq和CUTTag测序等多组学技术首次系统构建了妊娠早期9-12周人类七种主要胎儿组织脑、心、肝、肺、肾、肌肉和胃的mRNA m5C5-甲基胞嘧啶修饰图谱。研究发现m5C修饰在胎儿发育过程中呈现显著的组织和阶段特异性动态变化其中脑组织表现出最高丰度的m5C修饰水平并与基因表达稳态、可变剪切等关键发育过程正相关。相关研究成果以“RNA-m5C regulatory atlas of human fetal tissues uncover the activities of Nsun2/Jarid2/Alyref axis“为题发表于《Journal of Advanced Research》(JAR)。英文标题RNA-m5C regulatory atlas of human fetal tissues uncover the activities of Nsun2/Jarid2/Alyref axis中文标题人类胎儿组织的RNA m5C调控图谱揭示了Nsun2/Jarid2/Alyref轴活性发表时间2025-8-8发表期刊Journal of Advanced Research影响因子IF13/Q1技术平台RNA-Bis-seq、RNA-seq、ATAC-seq、CUTTag易基因金牌技术作者单位南京医科大学姑苏学院DOI:10.1016/j.jare.2025.08.004m5C是一种对胎儿发育至关重要的RNA修饰但其在不同组织中的特异性分布及调控机制尚未阐明。本研究旨在构建人类胎儿组织m5C分布的高分辨率组织特异性图谱并解析RNA甲基化与表观遗传调控互作。研究对七种不同的人类胎儿组织同时进行了m5C甲基化分析RNA-BS和转录组分析RNA-seq结合斑点印迹实验Dot Blot、免疫荧光显微镜、免疫共沉淀Co-IP、CUTTag和ATAC-Seq等多种实验方法以研究Nsun2介导的m5C修饰影响胎儿发育过程中的染色质可及性状态和组蛋白修饰模式。研究在建立首个人类胎儿组织m5C修饰的综合图谱并揭示其组织特异性甲基化模式的基础上进一步证实m5C修饰的转录本主要通过可变剪切维持基因表达稳态并调控关键发育转录机制。具体而言研究者发现Nsun2先招募Jarid2/Ezh2复合体后通过Alyref以m5C依赖性方式调控其活性从而协调组蛋白修饰和染色质可及性支持正常的胎儿发育。本研究构建了一个单碱基分辨率、基本覆盖人类胎儿发育期的不同组织特异性m5C图谱可作为发育表观遗传学研究的重要资源。此外研究者发现Nsun2/Jarid2/Alyref通路轴整合RNA甲基化、组蛋白修饰和染色质可及性以精确调控胎儿发育深化对表观遗传调控的理解并为发育障碍的潜在治疗靶点提供了新见解。研究摘要易基因相关拓展性产品展示项目文章MOL CANCER(IF33.9/Q1)浙一金洁/孙杰团队揭示NSUN2介导m5C甲基化在白血病中的关键调控作用项目文章 | Mol Cell上科大范国平教授团队RNA-BS揭示DNMT1在m5C修饰中的双重作用及其线粒体功能机制项目文章JECCR/IF11.4RNA-BS揭示NONO蛋白通过调控PTEN mRNA的m5C修饰和可变剪切促进胃癌进展项目文章 | Adv SciNSUN2介导m5C修饰代谢重编程促进肿瘤进展 揭示治疗新选择项目文章 | NARRCMS编辑系统在特定细胞RNA位点的靶向m5C甲基化和去甲基化研究研究方法1动物模型Nsun2条件性敲除小鼠模型使用Nestin-Cre驱动在神经前体细胞中特异性敲除Nsun2研究其对胎儿大脑发育的影响。Nsun5全身性敲除小鼠模型用于对比研究另一m5C甲基转移酶的功能。人神经前体细胞hNPC模型构建Nsun2敲低KD、Alyref过表达OE及Nsun2催化位点突变MutC271A/C321A的细胞系进行体外机制验证和挽救实验。2多组学测序技术RNA-BS(RNA-Bis-seq)对21个胎儿组织样本7种组织×3个生物学重复进行了m5C甲基化测序在全转录组范围内单碱基分辨率地精确鉴定m5C修饰位点。RNA-seq对相同的21个样本进行转录组测序分析基因表达水平并与m5C修饰数据进行关联分析。ATAC-seq在Nsun2条件性敲除小鼠模型中评估染色质可及性揭示染色质开放区域变化。CUTTag研究组蛋白修饰H3K27me3, H3K27ac在基因组上的定位和富集情况。3分子与细胞生物学实验IF检测神经元标记物NeuN, Tuj1, Map2, Satb2等、增殖/凋亡标记物、组蛋白修饰等表达与定位。Western Blot和Dot Blot定量检测蛋白表达水平及整体m5C修饰水平。Co-IP验证Nsun2、Ezh2、Jarid2、Alyref等蛋白之间的直接互作。mRNA稳定性实验使用转录抑制剂放线菌素DAct-D处理检测EZH2和JARID2 mRNA半衰期。结果图形1胎儿主要组织类型中的m5C特征本研究首先对妊娠早期9-12周的9个胎儿共21个样本7种组织各3个重复进行了RNA-BS分析图1A。相关热图分析显示不同组织间的m5C甲基化水平具有聚类特征表明m5C修饰具有组织特异性图1B。韦恩图分析进一步揭示大多数m5C修饰位点是组织特异性的例如大脑中59%的位点和心脏中38%的位点是该组织独有的图1C。在所有检测的组织中胎儿大脑的整体m5C水平显著高于其他组织图1D。研究在全基因组范围内共鉴定出3,460-16,137个m5C位点分布于1,615-4,299个mRNA上Fig. 1E-F其中大部分位于内含子和外显子区域大脑中分别占35.9%和29.6%图1G。有趣的是21个样本共鉴定出2,624个m5C转录本其中845个为未在m5C-Atlas数据库中注释的新转录本脑组织中这一比例高达54.91%Fig. 1HGO分析显示这些新转录本富集于组织分化、线粒体基因表达和非编码RNA转录等过程。图1胎儿组织样本的m5C甲基化谱2m5C修饰的转录本与胎儿组织基因表达稳态正相关为深入解析m5C修饰对基因表达稳态的调控作用研究通过整合m5C-Seq和RNA-seq数据将m5C修饰转录本按甲基化水平分为低L、中M、高H三组图2A。结果显示组织特异性越强的转录本其m5C修饰水平越稳定m5C修饰水平越高的转录本其基因表达的稳定性稳态也越高图2B2C。这种稳定性与mRNA表达水平显著正相关图2C提示m5C修饰可能通过增强转录本稳定性来维持表达稳态。这种正相关性在mRNA的不同区域5’UTR CDS 3’UTR均存在图2D。研究进一步按甲基化水平将基因分为低甲基化组LMG和高甲基化组HMGLMG组表现出更低的mRNA表达差异图2E且大脑组织拥有最多48.8%的组织差异性m5C转录本图2F这些差异位点主要位于内含子40.9%和外显子28.3%区图2G。值得注意的是组织差异m5C转录本的修饰水平显著低于组成型转录本图2H。上述结果共同支持m5C修饰作为基因表达稳态的稳定器通过在高表达基因上维持一致的修饰水平确保发育关键基因在时空上的精确剂量调控而组织特异性低水平修饰介导动态调控。图2m5C甲基化与胎儿早期发育阶段的基因表达稳态相关3胎儿组织与成体组织类型间的m5C修饰动态变化为探究m5C修饰的发育阶段动态变化研究整合了已发表的成体组织m5C数据5种匹配组织进行比较分析图3A。聚类分析显示胎儿与成体组织阶段的m5C修饰基因存在实质性差异图3B。全局比较发现尽管普遍认为成体甲基化水平更高但胎儿组织在关键发育基因上的m5C富集度呈现独特的分布模式胎儿大脑组织的m5C水平在FGF、WNT、BMP等神经发育核心通路中显著偏高图3F。并进一步发现“获得性m5C基因”发育过程中修饰水平上升数量超过丢失性基因修饰水平下降图3D且m5C水平变化与mRNA表达呈正相关图3E, G-H。不同阶段差异分析鉴定出548个脑组织显著差异m5C基因这些基因在成体组织阶段的m5C和mRNA水平共同上调图3I。Venn分析筛选出29个包括Ezh2、Jarid2等表观调控因子在脑发育和Nsun2敲除模型中共同变化的m5C基因图3J功能富集显示其高度参与组织分化、前脑发育、突触组装等过程图3K。图3从胎儿期到成体期m5C修饰的动态变化4m5C介导的可变剪切调控胎儿发育过程中的转录研究深入分析了胎儿和成体组织中的7类可变剪切AS事件SE、AF/AL、MX、RI、A3/A5图4A分析结果揭示在所有七种组织中m5C介导的AS事件广泛存在图4B并且具有高度的组织特异性七个组织共有m5C-AS基因只有19个图4E。重要的是m5C介导的AS组剪切受体包含度PSI值低于非m5C介导的AS组图4F但其转录过程却更快图4G。此外从胎儿期到成体期m5C介导的AS基因及其PSI值也发生了动态变化图4H-I。研究还发现剪切因子hnRNPL的表达与AS事件数量正相关而其m5C水平与mRNA表达负相关图4L-M提示了m5C可能通过调控剪切因子以作用于AS的复杂机制。图4m5C介导的可变剪切调控从胎儿期到成体期的RNA转录5Nsun2缺失导致胎儿大脑发育异常基于RNA-BS揭示的脑组织高m5C富集特征研究构建了神经前体细胞特异性敲除Nsun2的小鼠模型Nsun2d/d图5A。E13.5胎脑分析显示Nsun2缺失小鼠mRNA和蛋白水平下降90%以上伴随小鼠胚胎大脑结构异常。免疫荧光显示敲除组NeuN/Tuj1和Calb1成熟神经元比例显著升高图5B-C而Sox9/Nestin神经干细胞、Map2/Tuj1未成熟神经元比例下降图5D-E提示Nsun2缺失导致神经元早熟分化且成熟受损。具体而言Nsun2d/d胎儿脑组织的m5C RNA-BS显示修饰位点数量、修饰基因数和全局m5C水平均急剧降低差异表达基因DEGs中下调基因显著富集于组蛋白修饰和染色质重塑通路图5G-H。GSEA分析显示运动发育、行为调控和细胞分化相关基因集显著抑制图5I。Western blot和IF证实Nsun2d/d导致H3K27me3和H3K9me3修饰水平异常升高图5J-O且该现象在9周龄成体脑中持续存在。图5Nsun2敲除影响胎儿大脑发育6Nsun2缺失通过调控H3K27me3和染色质可及性抑制胎儿大脑功能进一步的CUTTag分析发现Nsun2敲除导致抑制性组蛋白标记H3K27me3在全基因组转录起始位点TSS区域的富集密度显著增强图6A而在如Map2、Foxo1等神经元成熟基因的调控区域出现H3K27me3异常沉积并伴随mRNA表达下降图6B-C。ATAC-seq分析显示Nsun2敲除后全基因组染色质可及性增加TSS区信号增强图6D共鉴定出7,878个染色质开放区域包括Tuj1、NeuN等神经元标记基因调控区图6E-F。这些开放的染色质区域与H3K27me3信号增加相关其邻近基因主要参与轴突发生、神经发生和前脑发育等通路图6G-H。这些结果揭示了Nsun2通过影响m5C修饰进而调控组蛋白修饰和染色质构象从而调控神经发育基因程序的核心机制。图6Nsun2缺失影响了胎儿大脑发育过程中的组蛋白修饰和染色质可及性7Nsun2通过Alyref鉴定m5C修饰招募Jarid2/Ezh2并影响其水平研究人员通过Venn交叉分析Nsun2敲除大脑中的差异m5C基因和胎儿大脑发育过程中的差异m5C基因结果鉴定出两个关键靶点组蛋白甲基转移酶Ezh2及其调控子Jarid2图7A。m5C RNA-BS数据显示正常发育过程中和Nsun2敲除后的模型中Ezh2和Jarid2的m5C水平均显著降低图7-C但蛋白水平却异常升高图7D-G。Co-IP实验证实Nsun2能直接与Ezh2和Jarid2互作而m5C reader蛋白Alyref也能与Ezh2和Jarid2结合图7H-L。功能挽救实验表明在Nsun2敲低的人神经前体细胞hNPCs中过表达Alyref或将Nsun2的催化活性位点突变C271A C321A都能使异常升高的EZH2和JARID2蛋白水平恢复至正常图7M-R表明m5C修饰水平变化是调控的关键。mRNA稳定性实验证明Nsun2敲低后EZH2和JARID2 mRNA降解速率减慢图7S-T。揭示m5C通过促进mRNA衰变来调控蛋白翻译效率。上述结果阐明了一条清晰的调控轴Nsun2催化Ezh2/Jarid2 mRNA的m5C修饰Alyref通过识别该修饰并可能与其他蛋白协同调控这些mRNA的稳定性和翻译效率从而影响PRC2复合体活性、H3K27me3水平和最终的神经发育结局。图7Nsun2/Jarid2/Ezh2/Alyref轴影响了胎儿大脑发育8Nsun5缺失抑制胎儿大脑发育最后研究探讨了另一m5C甲基转移酶Nsun5的功能Dot Blot显示Nsun5敲除小鼠胎儿脑组织中整体m5C水平显著下降图8A。在E18.5期Nsun5敲除导致成熟神经元标记物NeuN/Satb2 Map2/Tuj1阳性细胞比例减少图8B-E神经前体细胞Sox2/Nestin和DNA修复Sox2/Rad51相关标记物也减少图8F-K。同时H3K27me3和Ezh2的阳性细胞比例增加图8L-O。这些结果表明Nsun5同样对胎儿脑组织发育至关重要其缺失也会导致m5C水平降低和神经发育异常但其具体作用机制可能与Nsun2/Alyref轴有差异需要进一步研究。图8Nsun5缺失影响了胎儿大脑发育结论和启示本研究通过m5C RNA-BS构建了人类胎儿组织m5C调控图谱进一步证实了m5C作为调控胎儿发育表观转录组标记的重要作用尤其是在大脑发育中的Nsun2依赖性修饰网络并结合组蛋白修饰与染色质重塑。其中Nsun2通过催化Jarid2/Ezh2 mRNA的m5C修饰经Alyref识别调控其mRNA稳定性和翻译效率进而维持H3K27me3的精确沉积和染色质可及性最终确保神经元增殖、分化与成熟的时序性。Nsun5则通过另一通路作用于组蛋白标记两者共同构成m5C修饰的双重调控机制。m5C RNA-BS技术是绘制RNA表观遗传图谱、发现动态修饰规律、并最终与表型及深层机制相联系的单碱基分辨率检测技术。未来类似研究如不同疾病模型、发育阶段、药物处理等均可借鉴此技术路线从绘制修饰图谱入手结合多组学整合分析系统揭示m5C的调控功能。关于易基因RNA m5C甲基化测序(RNA-BS)技术m5C是RNA百余种修饰中研究较多的一种。m5C存在于tRNA上时可以对翻译进行调节存在于rRNA上时可以对核糖体的生物合成进行质控存在于mRNA上时则可以影响mRNA的结构、稳定性及翻译过程。易基因提供适用于不同科研需求的m5C甲基化测序技术常规mRNA m5C甲基化测序RNA-BSmRNA分离后首先通过亚硫酸盐处理非甲基化的C转变为Um5C修饰的碱基保持不变结合高通量测序可以对RNA上的每一个C碱基修饰进行定位与定量。常规mRNA lncRNA m5C甲基化测序全转录组RNA-BS易基因科技建立的升级版m5C RNA甲基化测序服务去除人rRNA后剩余RNA经重亚硫酸盐处理后结合高通量NGS策略可在全转录组范围内单碱基分辨率地检测基因m5C甲基化修饰分布。技术优势高深度超高深度重亚硫酸盐处理检测准确性极高高通量结合高通量NGS全转录组范围内检测单碱基单碱基分辨率快速检测和分析RNA中的m5C。高准确精确的检测mRNA等每一个C碱基的的修饰水平。研究方向与m6A甲基化类似m5C甲基化已被证明与肿瘤、神经系统紊乱、代谢性疾病、病毒感染以及个体发育等密切相关。此外RNA甲基化m5C与人类疾病密切相关其功能涉及调控干细胞应激、细胞毒性应激、mRNA出核和植物细胞发育及基因表达等方面。参考文献Hu X, Ding C, Lu J, Li J, Ren X, Xia W, Qian C, Li H, Cheung HH, Huang B. RNA-m5C regulatory atlas of human fetal tissues uncover the activities of Nsun2/Jarid2/Alyref axis. J Adv Res. 2025 Aug 8. doi: 10.1016/j.jare.2025.08.004.相关阅读1.项目文章MOL CANCER(IF33.9/Q1)浙一金洁/孙杰团队揭示NSUN2介导m5C甲基化在白血病中的关键调控作用2.项目文章 | Mol Cell上科大范国平教授团队RNA-BS揭示DNMT1在m5C修饰中的双重作用及其线粒体功能机制3.项目文章 | Adv SciNSUN2介导m5C修饰代谢重编程促进肿瘤进展 揭示治疗新选择4.项目文章 | NARRCMS编辑系统在特定细胞RNA位点的靶向m5C甲基化和去甲基化研究5.项目文章JECCR/IF11.4RNA-BS揭示NONO蛋白通过调控PTEN mRNA的m5C修饰和可变剪切促进胃癌进展6.技术推介RNA m5C甲基化测序(RNA-BS)7.技术推介m5C RNA甲基化测序m5C MeRIP-seq研究解决方案RNA m5C专题